盐城生物工程高等职业技术学校是盐城市人民政府唯一直属的高等职业院校，正处建制，前身为“江苏省盐城农业学校”，创办于1952年，1958年创办“江苏盐城农学院”，1961年江苏省农林厅批复为“盐城农业专科学校”，1975年经江苏省委同意建立“盐城地区五·七农业大学”，1978年经江苏省革委会决定恢复“江苏省盐城农业学校”。2004年4月盐城市人民政府决定盐城南洋职业高级中学整体划归，实行资源整合，经省教育厅批准升格为高等职业学校，更名为“盐城生物工程高等职业技术学校”，同时增挂“江苏联合职业技术学院盐城生物工程分院”校牌。